セクター・ホロロジウム到着 〜 ルート選択
■ストーリーの流れ
- セクター・ホロロジウム到着後、メインミッション「ホロロジウムのエキゾチック物質」発生。
- ホロロジウム１階からエレベーターで地下９階まで下り、地下９階にいるゴアと話をする。
LAWルート、または、CHAOSルートへ進む場合は、ゴアと会う前にゴア戦の準備をしておくこと。
- ゴアと共にレッドスプライト号へ帰還する。（自動）
- ゴアからの問いかけに対する返答により最終ルートが決定する。
- LAWルート、またはCHAOSルートへ進む選択をした場合、超人ゴアと戦闘になる。
- 決定したルートにおける使命を果たす。
■ゴアからの問いかけと返答によるルート決定
| 質問内容と選択肢 | |
| 質問１ | 自分の身に悪魔を宿す意思はあるか？
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| 質問２ | 神を称える歌唱に心を預けるか？
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| 質問３ | 地球の未来を委ねられるべきは誰なのだ？
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ルート選択時に主人公のスタンスがLAWの場合、CHAOSルートへ進む選択肢がなくなります。逆にCHAOSの場合は、LAWルートへ進む選択肢がなくなります。
エンディングの種類と分岐点
■エンディングの種類
このゲームのエンディングは全部で６種類。無印版の旧LAW／NEUTRAL／CHAOSルートエンド３種と、DEEP版で追加された新LAW／NEUTRAL／CHAOSルートエンド３種です。
■エンディングの分岐点
●分岐点１
最初の分岐点は、セクター・ホロロジウム到着後に発生するイベントにおけるゴアからの問いかけに対する答え。
ここで、LAW、NEUTRAL、CHAOSのスタンス別ルートへ分岐します。
●分岐点２
無印版のラスボスを倒す前までに、追加ダンジョンの嘆きの胎を第６圏までクリアしているかしていないか。
クリアしていない場合は、無条件で旧ルートエンドになります。
●分岐点３
無印版のラスボスを倒した後（CHAOSルートはラスボス戦の前）に発生するアレックスとのイベントにおけるアレックスの問いかけに対する答え。
アレックスの期待に応えない返答をすると旧ルートエンド、期待に応えられる返答をすると新ルートエンドになります。
●新ルートへ進むと
新ルートに進んだ場合、探索の舞台は嘆きの胎／十天への至へと続きます。
■旧ルートエンドへ進む際の注意点
旧ルートエンドへ進む際には、嘆きの胎／第六圏はクリアしない方が良い。
旧ルートエンドへ進む場合、ホロロジウム探索の終盤でアレックスと戦うことになるのだが、嘆きの胎をクリアした状態で戦うアレックス戦はラスボス戦よりも厳しい。強い相手と戦いたいわけでなければ、アレと戦うのは避けた方が良い、ほんと。
備考：悪魔全書を埋めるためには
■特定ルートクリアで解禁される悪魔
| ルート | 解禁悪魔 |
| LAWルート |
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| CHAOSルート |
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| 旧ルートクリア （スタンス問わず） |
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| 新ルートクリア （スタンス問わず） |
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| ２周目以降 （新旧問わず） |
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| ２周目以降 （新ルート限定） |
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悪魔全書を埋めるための合理的なクリア順は、ラスボスが比較的弱い旧CHAOSルートを最初にクリアして２周目限定のアクセサリやサブアプリの製造を解禁し、２周目に新LAWルートをクリアする。