世界樹の迷宮２からの変更点

　世界樹の迷宮１・２では迷宮内の探索のみだったが、世界樹の迷宮３では船に乗って大海原を航海できる。
　これに伴い、海マップや海図の作製、船体装備、交易品などの要素が追加された。

　武器に新たな効果を追加する鍛冶を行えるようになった。

　全ての冒険者は、本来のスキルに加えて、サブクラスとして選んだ他のクラスのスキルを習得可能になった。

　すれ違い通信時（ＨＤリマスター版ではインターネット通信時）に他プレイヤーと交換できるギルドカードが追加された。

●野営

　迷宮内の野営地点で野営することでＨＰとＴＰを回復できる。野営にはテントが必要。

●ぬかるみ床

　移動速度が半分になる。

●物語の舞台

• 冒険の舞台がハイ・ラガード公国から海都アーモロードに。
  
• 迷宮は、世界樹１で下り、世界樹２で上り、世界樹３で再び下る。
  

●冒険者

• これまでのクラスは全て廃止され、冒険者が選べるクラスが一新された。
  
• フォースがなくなり、新たに「リミット」が追加された。
  
• 上記に伴い、複数人が協力して使用する「リミットスキル」が追加された。
  
• 全クラス共通の「コモンスキル」が追加された。
  

●クエスト・ミッション

• クエストやミッションを達成した際に経験値を得られるようになった。
  

●宿屋

• 治療は宿屋で行うようになった。
  
• 夜間でも翌日の夜まで泊まれるようになった。
  

●薬泉院（旧施薬院）

• 廃止。
  

●商店

• 前作では特定の素材のみ在庫数が設けられていたが、今作では全ての素材に在庫数が設けられている。特定の武具・薬・アイテムを購入する、もしくは鍛冶を行うと、それらの製作に必要な素材の在庫数が減る。
  

●酒場

• 「情報収集」で酒場の客から情報を得られるようになった。
  

●港

• 航海の追加に伴い、新たに登場した施設。
  

●冒険者ギルド

• 特になし。
  

●ロード元老院（旧ラガード公宮）

• 「武具辞典」の廃止。
  

●迷宮探索

• 世界樹１・２では１つの階層が５フロアで構成されていたが、今作では４フロアになった。
  
• 中継地点の「磁軸の柱」が廃止された。
  
• 通過条件付きの抜け道「森の壁」が廃止された。
  
• 新たに「野営」「ぬかるみ床」が追加された。
  
• 特定の時間にのみ出現するモンスターが追加された。
  

●採集

• 採集結果がレア素材と＊ああっと＊の二択になるレア素材チャンス（仮称）が導入された。
  
• 上記に伴い、不評だった不意打ち＊ああっと＊はなくなった。
  
• 世界樹２では採取で採れる素材の一部を回復アイテムとして使えたが、世界樹３ではアイテムとして使えなくなった。
  

●地図作成

• 特になし。
  

●戦闘

• ２体以上の敵モンスターが協力して使う連携技が追加された。
  
• 状態異常「テラー」が廃止され、新たな状態異常「腐敗毒」が追加された。
  
• 腕封じで物理攻撃力が半減するようになった。
  
• 頭封じで属性攻撃力、および、属性防御力が低下するようになった。
  

●戦闘後の報酬

• ＦＯＥを倒した際に再び経験値を得られるようになった。
  

●スキル

• 強化スキル、及び、弱体スキルの効果ターン数の仕様変更。
  

　今作からクエストやミッション達成時に報酬として経験値を得られるようになった。

　このクエスト達成報酬で得られる経験値は個人単位となり、リザルト画面で表示される経験値は、１人当たりの経験値×パーティーの人数となる。

　例えば、報酬の経験値が１人300とする。５人パーティーの場合、リザルト画面では300×５で経験値：1,500と表示される。これが１人だけのパーティーなら300×１で経験値：300と表示される。

　従って、５人パーティー時に経験値：1,500と表示されたからといって、１人パーティーにすればその1,500の経験値が１人にまるまる入ることはない。入るのは300だけ。
　クエスト報告をする時だけ１人パーティーにして、そのキャラを一気に育てるぞ！　みたいなことはできないよって話。