セクター・ホロロジウムの探索：CHAOSルート

1. ホロロジウム地下９階へ向かい、メムアレフと話をすると、メインミッション「４つの宇宙卵を入手せよ」が発生する。
   
2. ミッション発生時に入手した「クレメントベル」をアーヴィンに渡すと、メインアプリ「アンロックD」が手に入る。
   
3. セクター・アントリア、ボーティーズ、カリーナ、デルファイナスの４カ所で宇宙卵を入手する。
   
4. ４つの宇宙卵を全て入手したらセクター・ホロロジウムへ向かう。
   

1. セクター・アントリア１階のロックゲート（Ｄ）の先へ進む。
   
2. アントリア１階の最奥地の部屋にいる破壊神セイテンタイセイから「第１の宇宙卵」をもらう。
   

1. セクター・ボーティーズ６階のロックゲート（Ｄ）の先へ進み、エレベーター（E3）で８階へ移動する。
   
2. ボーティーズ７階の部屋で霊鳥ヤタガラス ３体と戦闘になる。
   
3. 戦闘後、「第２の宇宙卵」が手に入る。
   

1. セクター・カリーナ２階の管制ポイントから隠し場Ｂに入る。
   
2. カリーナ２階．隠し場Ｂの部屋にいる龍神ショクインから「第３の宇宙卵」をもらう。
   

1. セクター・デルファイナス１階のロックゲート（Ｄ）の先へ進み、エレベーターで９階へ移動する。
   
2. デルファイナス９階の部屋で天使ケルプと戦闘になる。
   
3. 戦闘後、「第４の宇宙卵」が手に入る。
   

1. ホロロジウム１階のエレベーターに乗ろうとするとエレベーターが破壊され、大天使イスラフィールと戦闘になる。
   
2. イスラフィール戦で入手した「御先の勾玉」をアーヴィンに渡すと、メインアプリ「ゲートサーチＤ」が手に入る。
   
3. ホロロジウムの地下５階まで下りる。
   
4. ホロロジウムの地下５階に下りたところで大天使マンセマットと戦闘になる。
   

1. ホロロジウムの地下９階まで下りる。
   
2. ホロロジウム地下９階、メムアレフのいる部屋の扉を開けようとするとアレックスが現れる。この時の選択肢によって今後の行動が変化する。
   詳しくは、次の「新旧エンディングのルート分岐」の項目を参照。
   

●＃１：嘆きの胎のクリア状況

• 嘆きの胎を第六圏までクリアしている場合、＃２へ進む。
  
• 嘆きの胎をクリアしていない場合、旧CHAOSルートへ進む。
  

●＃２：アレックスとの会話の選択肢

• 選択肢で『これからはそうあるべきだ』を選んだ場合、旧CHAOSルートへ進む。
  
• 選択肢で『死ぬべきじゃない』を選んだ場合、新CHAOSルートへ進む。
  

1. 旧CHAOSルートへ進んだ場合、人間アレックスと戦闘になる。
   嘆きの胎をクリアしている場合は、アレックス（チーム）戦。クリアしていない場合は、アレックス（単独）戦となる。
   
2. ホロロジウム地下９階で大霊母メムアレフと話をすると、メインミッション「バニシング・ポイントへ向かえ」が発生。「ＥＸ物質：Ｈｏｒ」を受け取る。
   

1. セクター・エリダヌスの最上階へ向かう。
   
2. セクター・エリダヌス最上階の中心部（ウロボロスと戦った場所）で聖柱ゼレーニンと戦闘になる。
   
3. 旧CHAOSルートのエンディング
   

1. 新CHAOSルートへ進んだ場合、アレックスから「第３の実り」を渡される。
   
2. メムアレフの部屋に入ると大霊母メムアレフと戦闘になる。
   
3. 大霊母メムアレフを倒した後、続けて虚大霊メムアレフと戦闘になる。
   

1. 嘆きの胎／第六圏から「十天への至」へ移動する。
   
2. 十天への至／上層の中央の部屋で聖柱ゼレーニンと戦闘になる。
   
3. 十天への至／下層で神霊シェキナーと戦闘になる。
   
4. 新CHAOSルートのエンディング