セクター・ホロロジウムの探索：NEUTRALルート

1. メインミッション「破壊爆弾の材料を入手せよ」発生。
   
2. ミッション発生時に入手した「クレメントベル」をアーヴィンに渡すと、メインアプリ「アンロックD」が手に入る。
   
3. セクター・アントリア、ボーティーズ、カリーナ、デルファイナスの４カ所で宇宙卵を入手する。
   
4. ４つの宇宙卵と４号艦の核弾頭を全て入手したらレッドスプライト号へ帰還する。
   

1. セクター・アントリア１階のロックゲート（Ｄ）の先へ進む。
   
2. アントリア１階の最奥地の部屋で破壊神セイテンタイセイと戦闘になる。
   
3. 戦闘後、「第１の宇宙卵」が手に入る。
   

1. セクター・ボーティーズ６階のロックゲート（Ｄ）の先へ進み、エレベーター（E3）で８階へ移動する。
   
2. ボーティーズ７階の部屋で審判者ゼレーニンと戦闘になる。
   
3. 戦闘後、「第２の宇宙卵」と「４号艦の核弾頭」が手に入る。
   

1. セクター・カリーナ２階の管制ポイントから隠し場Ｂに入る。
   
2. カリーナ２階．隠し場Ｂの部屋で龍神ショクインと戦闘になる。
   
3. 戦闘後、「第３の宇宙卵」が手に入る。
   

1. セクター・デルファイナス１階のロックゲート（Ｄ）の先へ進み、エレベーターで９階へ移動する。
   
2. デルファイナス９階の部屋で天使ケルプと戦闘になる。
   
3. 戦闘後、「第４の宇宙卵」が手に入る。
   

1. ホロロジウム１階のエレベーターに乗ろうとするとエレベーターが破壊され、地母神スカディと戦闘になる。
   
2. スカディ戦で入手した「御先の勾玉」をアーヴィンに渡すと、メインアプリ「ゲートサーチＤ」が手に入る。
   
3. ホロロジウムの地下５階まで下りる。
   
4. ホロロジウムの地下５階に下りたところで覚醒人ヒメネスと戦闘になる。
   

1. ホロロジウムの地下９階まで下りる。
   
2. ホロロジウム地下９階で大霊母メムアレフと戦闘になる。
   
3. 大霊母メムアレフを倒した後、続けて虚大霊メムアレフと戦闘になる。
   
4. 戦闘後、「ＥＸ物質：Ｈｏｒ」が手に入る。
   
5. メムアレフ戦後、船に帰還するためにターミナル付近へ移動するとアレックスと遭遇。この時の選択肢によって今後の行動が変化する。
   詳しくは、次の「新旧エンディングのルート分岐」の項目を参照。
   

●＃１：嘆きの胎のクリア状況

• 嘆きの胎を第六圏までクリアしている場合、＃２へ進む。
• 嘆きの胎を第六圏までクリアしていない場合、人間アレックス（単独）と戦闘。アレックスを倒すと旧NEUTRALルートエンドとなる。
  

●＃２：アレックスとの会話の選択肢

• ２つ目の選択肢で『応えられない』を選んだ場合、人間アレックス（チーム）と戦闘。アレックスを倒すと旧NEUTRALルートエンドとなる。
  
• ２つ目の選択肢で『…何をしたらいい』を選んだ場合、メインミッション「宇宙卵の奪還」が発生。アレックスから「第３の実り」を受け取る
  

　アレックスと戦い、旧ルートエンドでゲームをクリアした場合、クリアデータ引き継ぎプレイで【妖魔】シャイターンと【魔王】アモンの悪魔合体が解禁される。

1. 嘆きの胎／第六圏から「十天への至」へ。
   
2. 十天への至で神霊シェキナーを倒す。
   
3. 新NEUTRALルートのエンディング